奇异的宗教门巴人既崇信跳神送鬼的原始宗教，又信仰藏传佛教。门巴人认为，人的衣食住行，生与死，生产的丰欠和禽畜的兴衰都与鬼神有着密切的联系，众多的鬼神都在影响着他们的生产和生活，人们为寻求鬼的宽恕，神的赐福，而使自己祛危求安免灾受益。因而出现了人与鬼神之间的特殊使者巫师;“觉母”、“把奠”、“把寓”、“登龙坎”、“本波”……原始宗教门巴人认为天有天神，地有地神，山有山神，水有水神;青蛙、蛇类、昆虫、蚂蚁、奇树怪石也是神。神灵无所不在，所有病痛和灾祸都归结为鬼神对人的怪罪。巫师中的叠龙坎、把窝、本波是男巫，主要是送鬼;觉母、把莫是女巫，专事请神。

“登龙坎”“登”，即鬼，“龙坎”，送走之意，“登龙坎”即送鬼走的意思。后来习惯上把从事送鬼的巫师称为登龙坎。有人生病即请登龙坎杀牲送鬼除病。门巴人认为，人的病痛是鬼怪把病人的灵魂抓走了引起的。因此登龙坎在为病人送鬼时，要杀鸡或猪作祭。杀牲之前，要将禽畜给病人过目，表示是病人送的。祭祀时，将煮熟的肉、米饭、煎鸡蛋，用“邦穹”或芭蕉叶装好，连同手摇转经筒、佛珠、长刀、衣物……摆在村外面，登龙坎指着地上的食物说：“我们为你准备了这么多东西，供你享用，望你释放病人的灵魂。”边说边将事先捉到的一只蜘蛛包好放在病人耳后，表示被“鬼”掏去的病人的“魂”找回来了。

“把窝”藏语意为“英雄”。头缠红布，面部挂串珠，斜披白布带。屋里摆神案，摆玉米面做的偶像，供大米、鸡蛋、酒和清水，法器为鼓。把窝击鼓，全身颤抖似疯癫病人，嘴里叨念道：“请坎主、松马、把窝和把莫诸神把病人的枷锁去掉，把他的灵魂放回来……”然后将烧红的石块投进开水锅中，用树枝蘸沸水酒在自己和病人身上，表示将病人身上的“鬼”驱走。

“苯教”汉语称为苯教。除有一般巫师的本领外，还会念咒语。传说能置人于死地。苯波有咒经，如果他与人有隙，就设法弄到对方的一点毛发，塞进牛角里，再埋人土中，被咒的人据说就会“生疮流脓而亡”。作法时，苯波亲自动手杀鸡、猪或牛，把肉和心脏的各个部位取一点煮熟，放上佐料，端来米饭，送到有鬼的地方给鬼吃。然后祈求鬼不要让人生病了，吃了这些食物就离开这里。

“觉母”自称是女神的化身，传说有九姐妹，还有母亲。作法时，双肩披红布，额前戴“冗浪”的圆形银饰物，屋中铺竹席，席上摆九个竹盒和九口小锅，盛满大米、养麦、生姜、香蕉、甘蔗、桃、野花……挂长刀、串珠、弓箭和格乌(藏族用的护身符)。请神时，觉母双手抹脸，全身颤抖，用拖长的声调唱道：“阿麦……拉所……拉所……’然后自问自答，有如梦呓，表示灵魂飞升，到神的境界去询问病因和治病的方法，在众神的帮助下找到了病人的灵魂，把灵魂“还”给病人。

“把莫”藏语意为“女杰”，自称是坎主神的化身。有五姐妹，称为“坎主得安”，即五个坎主：多吉坎主、仁钦坎主、白玛坎主、勒客坎主和肯达坎主。传说他们是苯教主神滚独藏布的女儿，母亲叫仁艾杰姆。把莫作法时，襄红，白头布，戴扇形纸帽，屋里供食物和用具。五指分别拴红、黄、蓝、白、黑五彩线，分别代表一个坎主神。然后用火烧断，看线断处是否整齐，若有不整齐的就认为是坎主神发怒，而懊人生病的。为了冶好病人的病，把典手摇小鼓和铃铛，全身颤抖，在屋内转圈，请众坎主神“赶宴”，让病人恢复健康。藏传佛教门巴人原来信奉白教(指噶举派)，他们迁入墨脱后便把白教带到了墨脱，后因墨脱受波密土王辖屑，门巴人被迫改奉红教宁玛派。相传为贡布喇嘛谷学干布传到墨脱，井建仁钦崩寺，1950年毁于墨脱大地震。到解放前夕，墨脱有寺庙35座。寺庙僧人中，根据社会地位、技能、宗教知识和尊卑分为：直姑即活佛，是死者灵魂皆升天堂享天福的意思。直姑是寺庙的最高领导者寺务，他们通晓经书。